孕早、中期感染者，除可引起流产外，还可引起胎儿多发性畸形，如脑积水、无脑水、小眼、无眼症、先天性白内障、唇腭裂、先天性心脏病、肛门闭锁及肢体畸形等。孕晚期感染者，可出现早产、死胎、死产，早期新生儿死亡，分娩先天性急性弓形体病患儿、分娩先天性弓形体病处于静止期的新生儿。经感染而能存活的儿童常有脑部先天性损害而遗留智力发育不全或癫痫。部分先天感染的婴儿无明显症状而仅表现为血清抗体阳性，这类婴儿可在成年后才出现脉络膜视网膜炎。受到感染的母亲在产下一胎先天性感染的婴儿后，因本身已成为慢性感染者，故罕见有次胎再出现先天性感染者。